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Optimal use of SSR markers for varietal identification of upland cotton

G. S. Pereira,A. Cazé,Michelle Sprandel da Silva,Vanessa Cavalcante de Almeida,Fernanda Oliveira da Cunha Magalhães,J. L. D. S. Filho,P. Barroso,L. Hoffmann

Published 2015 in Pesquisa Agropecuaria Brasileira

ABSTRACT

O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores polimorficos de sequencias simples repetidas (SSR) para identificacao varietal de algodao e avaliacao da distância genetica entre as variedades. Inicialmente, 92 marcadores SSR foram genotipados em 20 cultivares de algodao do Brasil. Desse total, 38 locos foram polimorficos, dos quais dois deles foram amplificados por um unico par de iniciadores; o numero medio de alelos por loco foi 2,2. Os conteudos de informacao polimorfica (PIC) e de poder de discriminacao (DP) foram, em media, 0,374 e 0,433, respectivamente. A distância genetica media foi de 0,397 (minima de 0,092 e maxima de 0,641). Um painel de 96 variedades originarias de diversas regioes do mundo foi avaliado por 21 locos polimorficos derivados a partir de 17 pares de iniciadores selecionados. Entre essas variedades, a distância genetica media foi de 0,387 (minima de 0 e maxima de 0,786). Os dendrogramas elaborados a partir de media aritmetica nao ponderada (UPGMA) nao refletiram as regioes do Brasil (20 genotipos) ou do mundo (96 genotipos), onde as variedades ou linhagens foram selecionadas. O procedimento de reamostragem bootstrap mostra que a identificacao dos genotipos e viavel com 19 locos. Os marcadores polimorficos avaliados sao uteis na identificacao varietal de um painel amplo de variedades de algodao e podem ser aplicados em estudos de diversidade da especie.

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